萨博加和珍珠群岛的历史非常丰富，可追溯到哥伦比亚时代之前。 为退潮捕鱼而建造的许多贝壳和鱼类捕捞器是在西班牙人抵达之前居住在这里的原始土着人民的提醒。 鱼陷阱，也称为鱼腐，今天仍被当地村民使用，超过500最初建成后的年份。 史密森尼赞助的附近Isla Pedro Gonzales的考古发掘历史可以追溯到8,000年代

萨博加岛上的许多贝壳堆都是原住民扔垃圾的旧垃圾场。 各种各样的贝壳告诉我们很多关于它们海洋饮食的信息，破碎的陶器碎片与贝壳混在一起。

到1530年-哥伦布发现美洲不到40年之后-Saboga上的所有土著人民都死于疾病或被西班牙征服者处决。 没有当地人口，西班牙人无法收获珍珠，这些珍珠给这些岛起了名字。 因此，他们迅速从非洲引进奴隶进行珍珠潜水，直到今天，他们的后代仍住在岛上。 萨博加（Saboga），佩德罗·冈萨雷斯（Pedro Gonzales）上有当地的渔村，雷伊岛（Isla del Rey）上有三个渔村，都是原始奴隶后代的家。

到1860年左右，较浅，更容易收获的珍珠牡蛎已经基本消失，潜水员不得不越来越深地饲养牡蛎。 为了解决这个问题，德国工程师Julius H. Kroehl从纽约带来了他的新发明。 它是世界上第一艘真正的潜水艇，“潜艇海洋探险者”，它使潜水员能够以比他们自己能承受的深度更大的深度收获珍珠牡蛎。 潜水艇使用加压空气将水拒之门外，以便潜水员只需打开底部的舱口并游出以收集牡蛎。 不幸的是，包括德国发明家克罗尔在内的全体船员最终因先前未知的减压病死亡，导致整个合资企业和潜艇本身被放弃。 现在，它就坐落在海滩上，在那里他们将其抛弃在圣特尔莫岛上，并在退潮时露出来，并逐渐腐蚀掉。

当珍珠产业因过度捕捞而最终崩溃时，这些岛屿变得模糊不清。 1900早期日本养殖珍珠产业的发展注定了这一点。

然后建造了巴拿马运河，由于运河的战略重要性，珍珠岛也受到了美国海军的保护。 第二次世界大战期间在这些岛屿上建造了几个机场，以便侦察机可以搜索日本潜艇。 直到2年代，自1970年代西班牙人到达西班牙以来，岛上才进行了第一次开发。 孔塔多拉岛（Isla Contadora）岛是为富裕的巴拿马家庭和富裕的国际喷气机订户提供度假屋的岛屿。 多年来，许多好莱坞著名演员和商业大亨将Contadora列为其度假胜地之一。