Сабога и острова Перл имеют очень богатую историю, датируемую еще в предколумбийские времена. Многочисленные раковины и ловушки для рыбы, собранные для захвата рыбы во время отлива, напоминают о коренных коренных народах, которые жили здесь до прибытия испанцев. Рыбные ловушки, также называемые рыбными корралами, до сих пор используются местными жителями более 500 лет после того, как они были первоначально построены. Археологические раскопки, созданные Смитсоном, на близлежащей Исла-Педро Гонсалес были датированы 8,000 годами
Многочисленные кучи ракушек на Сабоге — это старые свалки, куда коренные народы выбрасывали свой мусор. Разнообразие морских раковин многое говорит нам об их морской диете, а к раковинам примешиваются осколки разбитой глиняной посуды.
К 1530 году - менее чем через 40 лет после открытия Колумбом Америки - все коренные жители Сабоги были мертвы либо от болезни, либо от казни испанскими конкистадорами. Без местного населения у испанцев не было возможности собирать жемчуг, который дал островам их название. Итак, они быстро завезли рабов из Африки, чтобы заняться ловлей жемчуга, и их потомки живут здесь, на островах, по сей день. Есть местные рыбацкие деревни на Сабоге, Педро Гонсалес и три на Исла-дель-Рей, которые являются домом для потомков первоначальных рабов.
Примерно к 1860 году более мелкие и удобные для добычи жемчужные устрицы в основном исчезли, и дайверам приходилось погружаться все глубже и глубже, чтобы вылавливать устриц. Чтобы решить эту проблему, немецкий инженер Юлиус Х. Крель привез свое новое изобретение из Нью-Йорка. Это была первая в мире настоящая подводная лодка, «Sub Marine Explorer», которая позволяла дайверам ловить жемчужных устриц на гораздо большей глубине, чем они могли бы достичь самостоятельно. Подводная лодка использовала сжатый воздух, чтобы не допустить проникновения воды, так что дайверы могли просто открыть люк на дне и выплыть, чтобы собрать устриц. К сожалению, возможная смерть всего экипажа, включая немецкого изобретателя Крёля, от ранее неизвестной декомпрессионной болезни привела к тому, что все предприятие и сама подводная лодка были заброшены. Сейчас он находится недалеко от пляжа, где его оставили на Исла-Сан-Тельмо, и обнажается во время отлива и медленно разъедает.
Когда индустрия жемчуга, наконец, рухнула из-за переутомления, острова погрузились в безвестность. Развитие культивированной индустрии жемчуга в Японии в начале 1900 обрекло его навсегда.
Затем был построен Панамский канал, и Жемчужные острова перешли под защиту ВМС США из-за его стратегической важности. Во время Второй мировой войны на островах было построено несколько аэродромов, чтобы самолеты-корректировщики могли искать японские подводные лодки. Только в 2-х годах на островах были проведены первые разработки с момента прибытия испанцев в 1970-х годах. Исла Контадора был разработан как остров для домов отдыха для состоятельных панамских семей и богатых международных авиалиний. На протяжении многих лет многие известные голливудские актеры и бизнес-магнаты сделали Контадору одним из своих мест для отдыха.