Saboga et les îles des Perles ont une histoire très riche qui remonte à l'époque pré-colombienne. De nombreux coquillages et des pièges à poissons construits pour capturer le poisson à marée basse sont les rappels des peuples autochtones d'origine qui vivaient ici avant l'arrivée des Espagnols. Les pièges à poissons, également appelés corroyaux de poissons, sont encore utilisés aujourd'hui par les villageois locaux plus de 500 ans après leur construction initiale. Des fouilles archéologiques commanditées par Smithsonian sur Isla Pedro Gonzales à proximité ont été remontées au cours des années 8,000
Les nombreux tas de coquillages sur Saboga sont les anciens dépotoirs où les peuples autochtones jetaient leurs déchets. La variété des coquillages nous en dit long sur leur alimentation marine, et des éclats de poterie cassée sont mélangés aux coquillages.
En 1530 - moins de 40 ans après la découverte des Amériques par Colomb - tous les peuples indigènes de Saboga étaient morts de maladie ou d'exécution par les conquistadors espagnols. Sans population locale, les Espagnols n'avaient aucun moyen de récolter les perles qui ont donné leur nom aux îles. Ainsi, ils ont rapidement importé des esclaves d'Afrique pour faire de la plongée sous-marine, et leurs descendants vivent encore ici dans les îles. Il y a des villages de pêcheurs locaux sur Saboga, Pedro Gonzales et trois sur Isla del Rey qui abritent tous des descendants des esclaves d'origine.
Vers 1860, les huîtres perlières moins profondes et plus faciles à récolter avaient déjà pour la plupart disparu, et les plongeurs devaient aller de plus en plus profonds pour élever des huîtres. Pour résoudre le problème, Julius H. Kroehl, un ingénieur allemand a ramené sa nouvelle invention de New York. C'était le premier véritable sous-marin au monde, le «Sub Marine Explorer», et il permettait aux plongeurs de récolter des huîtres perlières à une profondeur beaucoup plus grande qu'ils ne pouvaient atteindre seuls. Le sous-marin utilisait de l'air sous pression pour empêcher l'eau de pénétrer afin que les plongeurs puissent simplement ouvrir l'écoutille au fond et nager pour ramasser les huîtres. Malheureusement, la mort éventuelle de tout l'équipage, y compris de l'inventeur allemand Kroehl, suite à une maladie de décompression inconnue auparavant, a conduit à l'abandon de toute l'entreprise et du sous-marin lui-même. Il repose maintenant juste à côté de la plage où ils l'ont abandonné sur Isla San Telmo, et est exposé à marée basse et se corrode lentement.
Lorsque l'industrie de la perle s'est finalement effondrée en raison de la surpêche, les îles ont sombré dans l'obscurité. Le développement de l'industrie de la perle de culture au Japon au début 1900 l'a condamné pour de bon.
Ensuite, le canal de Panama a été construit et les îles Pearl ont été placées sous la protection de la marine américaine, en raison de l'importance stratégique du canal. Plusieurs aérodromes ont été construits dans les îles pendant la Seconde Guerre mondiale afin que les avions de repérage puissent rechercher des sous-marins japonais. Ce n'est que dans les années 2 que le premier développement a été fait dans les îles depuis l'arrivée des Espagnols dans les années 1970. Isla Contadora a été développée comme une île pour les maisons de vacances pour les familles panaméennes aisées et les riches jet-setters internationaux. Au fil des ans, de nombreux acteurs et magnats du monde des affaires célèbres d'Hollywood ont fait de Contadora l'un de leurs lieux de vacances.