Saboga en de Pearl Islands hebben een zeer rijke geschiedenis die teruggaat tot de pre-Colombiaanse tijd. Talrijke granaten en visvallen die zijn gebouwd om vis bij eb te vangen, zijn de herinneringen van de oorspronkelijke inheemse volkeren die hier woonden voordat de Spanjaarden arriveerden. De visvallen, ook wel viscorrrals genoemd, worden nog steeds door de lokale dorpsbewoners meer dan 500 gebruikt nadat ze oorspronkelijk waren gebouwd. Smithsonian-gesponsorde archeologische opgravingen op het nabijgelegen eiland Isla Pedro Gonzales zijn gedateerd terug over 8,000 jaar
De vele granaten op Saboga zijn de oude vuilnisbelten waar de inheemse volkeren hun afval weggooiden. De verscheidenheid aan zeeschelpen vertelt ons veel over hun mariene dieet, en scherven van gebroken aardewerk zijn vermengd met de schelpen.
Tegen 1530 - minder dan 40 jaar na Columbus 'ontdekking van Amerika - waren alle inheemse mensen op Saboga dood door ziekte of executie door de Spaanse veroveraars. Zonder een lokale bevolking hadden de Spanjaarden geen manier om de parels te oogsten die de eilanden hun naam gaven. Dus importeerden ze snel slaven uit Afrika om de parelduiken te doen, en hun nakomelingen wonen tot op de dag van vandaag hier op de eilanden. Er zijn lokale vissersdorpen op Saboga, Pedro Gonzales, en drie op Isla del Rey waar allemaal afstammelingen van de oorspronkelijke slaven leven.
Rond 1860 waren de ondiepere, gemakkelijker te oogsten pareloesters al grotendeels verdwenen en moesten duikers steeds dieper gaan om oesters te kweken. Om het probleem op te lossen, haalde Julius H. Kroehl, een Duitse ingenieur, zijn nieuwe uitvinding uit New York. Het was 's werelds eerste echte onderzeeër, de' Sub Marine Explorer ', en het stelde duikers in staat om pareloesters te oogsten op een veel grotere diepte dan ze zelf konden bereiken. De onderzeeër gebruikte lucht onder druk om het water buiten te houden, zodat duikers eenvoudig het luik onderaan konden openen en naar buiten konden zwemmen om oesters te verzamelen. Helaas leidde de uiteindelijke dood van de hele bemanning, inclusief de Duitse uitvinder Kroehl, door voorheen onbekende decompressieziekte tot het verlaten van de hele onderneming en de onderzeeër zelf. Het rust nu net buiten het strand waar ze het achterlieten op Isla San Telmo, en wordt blootgesteld bij eb en langzaam weggeroest.
Toen de parelindustrie ten slotte instortte door overbevissing, daalden de eilanden in de vergetelheid. De ontwikkeling van de gekweekte parelindustrie in Japan in de vroege 1900s heeft het voorgoed gedoemd.
Toen werd het Panamakanaal gebouwd en kwamen de Pearl-eilanden onder bescherming van de Amerikaanse marine vanwege het strategische belang van het kanaal. Tijdens de Tweede Wereldoorlog werden op de eilanden verschillende vliegvelden aangelegd zodat spottersvliegtuigen konden zoeken naar Japanse onderzeeërs. Pas in de jaren zeventig vond de eerste ontwikkeling op de eilanden plaats sinds de Spanjaarden in 2 arriveerden. Isla Contadora is ontwikkeld als een eiland voor vakantiehuizen voor welvarende Panamese families en rijke internationale jetsetters. Door de jaren heen hebben veel beroemde Hollywood-acteurs en zakenmagnaten van Contadora een van hun vakantiebestemmingen gemaakt.