Saboga e le isole delle Perle hanno una storia molto ricca che risale ai tempi pre-colombiani. Numerose conchiglie di conchiglie e trappole per pesci costruite per catturare pesci con la bassa marea sono i ricordi delle popolazioni indigene originarie che vivevano qui prima che arrivassero gli spagnoli. Le trappole per pesci, chiamate anche corrimani per pesci, sono ancora oggi utilizzate dagli abitanti del villaggio più di 500 anni dopo la loro costruzione. Gli scavi archeologici sponsorizzati da Smithsonian sulla vicina Isla Pedro Gonzales risalgono agli anni 8,000

I numerosi cumuli di conchiglie su Saboga sono le vecchie discariche dove le popolazioni indigene gettavano la spazzatura. La varietà di conchiglie di mare ci dice molto sulla loro dieta marina, e frammenti di ceramica rotta sono mescolati con le conchiglie.

Nel 1530 - meno di 40 anni dopo la scoperta delle Americhe da parte di Colombo - tutti gli indigeni di Saboga erano morti di malattia o di esecuzione da parte dei conquistadores spagnoli. Senza una popolazione locale, gli spagnoli non avevano modo di raccogliere le perle che hanno dato il nome alle isole. Quindi, hanno rapidamente importato schiavi dall'Africa per fare l'immersione delle perle, e i loro discendenti vivono qui nelle isole fino ad oggi. Ci sono villaggi di pescatori locali a Saboga, Pedro Gonzales e tre a Isla del Rey che ospitano tutti i discendenti degli schiavi originari.

Intorno al 1860, le ostriche perlate più basse e più facili da raccogliere erano già per lo più scomparse ei subacquei dovevano andare sempre più in profondità per allevare ostriche. Per risolvere il problema, Julius H. Kroehl, un ingegnere tedesco, portò la sua nuova invenzione da New York. È stato il primo vero sottomarino al mondo, il "Sub Marine Explorer", e ha permesso ai subacquei di raccogliere ostriche perlate a una profondità molto maggiore di quella che erano in grado di raggiungere da soli. Il sottomarino utilizzava aria pressurizzata per tenere fuori l'acqua in modo che i subacquei potessero semplicemente aprire il portello sul fondo e nuotare fuori per raccogliere le ostriche. Sfortunatamente, l'eventuale morte dell'intero equipaggio, compreso l'inventore tedesco Kroehl, per malattia da decompressione precedentemente sconosciuta portò all'abbandono dell'intera impresa e del sottomarino stesso. Ora si trova appena fuori dalla spiaggia dove l'hanno abbandonata su Isla San Telmo, ed è esposta con la bassa marea e si sta lentamente corrodendo.

Quando l'industria delle perle alla fine crollò a causa della pesca eccessiva, le isole andarono alla deriva nell'oscurità. Lo sviluppo dell'industria delle perle coltivate in Giappone nei primi 1900 l'ha condannato per sempre.

Quindi fu costruito il Canale di Panama e le Isole Perla passarono sotto la protezione della Marina degli Stati Uniti, a causa dell'importanza strategica del canale. Diversi aeroporti furono costruiti nelle isole durante la seconda guerra mondiale in modo che gli aerei spotter potessero cercare sottomarini giapponesi. Fu solo negli anni '2 che il primo sviluppo fu fatto nelle isole da quando gli spagnoli arrivarono nel 1970. Isla Contadora è stata sviluppata come un'isola per case vacanza per ricche famiglie panamensi e ricchi jet-setter internazionali. Nel corso degli anni molti famosi attori di Hollywood e magnati del business hanno reso Contadora uno dei loro luoghi di vacanza.